Ovaire de lys (Lilium), coupe transversale montrant les sacs embryonnaires (x4)

Chez les plantes à fleurs, l'ovaire forme la section inférieure élargie du pistil, qui constitue la partie femelle (gynécée) de l'appareil reproducteur, par opposition à la partie mâle (androcée). Le pistil peut être composé d'un ou de plusieurs carpelles (caractère unicarpellé ou pluricarpellé), qui peuvent être libres (dyalicarpellé) ou soudés (gamocarpellé), en délimitant une cavité unique (uniloculaire) ou au contraire une cavité arrangée en de multiples loges (pluriloculaire). Il peut être en position supère, c'est à dire situé au-dessus des autres verticilles floraux), ou infère, c'est à dire localisé en dessous de la zone d'insertion des autres pièces florales (un caractère évolué, étant donné qu'il offre une meilleure protection des ovules).

Dans l'ovaire, les ovules sont insérés au niveau de placentas, qui sont des bourrelets de la paroi carpellaire, et ce par l'intermédiaire d'un funicule (dont le point d'attache sur le tégument de l'ovule est appelé hile), et qui restera toujours attaché au fruit. Les ovules sont constitués d'un tissu principal, le nucelle (avec le sac embryonnaire), entouré d'un ou deux téguments. La zone ou la vascularisation du funicule se divise pour irriguer le tégument s'appelle la chalaze. Une ouverture, le micropyle, permet le passage du tube pollinique dans sa lente reptation vers les noyaux du sac embryonnaire. Les ovules peuvent être droits (orthotropes), dans ce cas le hile, la chalaze et le micropyle sont alignés. Ils peuvent aussi être courbés (campylotropes), avec un hile et la chalaze toujours aligné, mais un micropyle orienté à 90°. Enfin, il existe aussi des ovaires renversés  (anatropes), avec un funicule soudé au tégument externe (raphé), tandis que la chalaze et le micropyle sont alignés.

Chez le lys, le gynécée est formé par la soudure de trois carpelles (ovaire syncarpe) au niveau de leurs faces latérales, qui délimitent un ovaire à trois loges (triloculaire, soit autant de loges qu'il y a de carpelles). Les placentas, sur lesquels viennent s'insérer une double rangée d'ovules anatropes, sont situés au centre, en définissant une placentation dite axile. Des faisceaux vasculaires sont bien visibles dans les parois carpellaires, notamment ceux de la nervure principale située au centre de chaque carpelle, ainsi que ceux appartenant à la nervure placentaire. Les trois nervures centrales prouvent que nous sommes bien en présence d'un ovaire constituée de trois carpelles repliés sur eux-mêmes, concrescents dans leur partie ventrale. En résumé, l'ovaire de lys est syncarpique, tricarpellaire, triloculaire, à placentation axile.